Marathon County är ett administrativt område i delstaten Wisconsin, USA, med 134 063 invånare. Den administrativa huvudorten (county seat) är Wausau.
Enligt United States Census Bureau har countyt en total area på 4 082 km². 4 001 km² av den arean är land och 41 km² är vatten.
- Kronenwetter med 5 400 invånare
- Marshfield – 18 800 (delvis i Wood County)
- Mosinee – 6 200
- Rib Mountain – 7 600
- Rothschild – 5 500
- Wausau – 40 600 (huvudort)
- Weston – 12 600