Jord- og skogbruk og industri er viktige næringsveier med henholdsvis 11 og seks prosent av kommunens arbeidsplasser; sistnevnte har 18 prosent inkludert bygge- og anleggsvirksomhet og kraft- og vannforsyning/renovasjon (2023).
Av jordbruksarealet er 78 prosent nyttet til korn og oljevekster (2020). Det holdes ellers en del svin og fjærfe, også en del storfe. Tallet på avlssvin i Marker er det største blant kommunene i Østfold. Marker har ellers en betydelig skogavvirkning (243 600 kubikkmeter i 2022).
Det meste av industrien i Marker finner en i Ørje. Den klart viktigste industribransjen i kommunen er trelast-/trevareindustri.
Marker er kommunen med sjette størst vannkraftproduksjon i Østfold, men er en liten kraftkommune på landsbasis. Kommunen har ett vannkraftverk, Ørje (i drift fra 1942), med en årlig produksjon på 7,57 gigawattimer (gjennomsnitt 1993-2020). Kraftverket er eid av Østfold Energi.
I 2023 hadde 49 prosent av yrkestakerne bosatt i Marker arbeid utenfor kommunen, hvorav 27 prosent i nabokommunen i vest, Indre Østfold, fem prosent i Oslo, tre prosent i Follokommunene samlet, i alt åtte prosent i de øvrige kommunene i Østfold og to prosent i nabokommunen i nord, Aurskog-Høland.