Under store vannføringer er erosjonen og materialføringen i vassdraget meget stor og resulterende endringer av profil og strømforhold har gjennom årene ført til hyppige leirskred og forandringer av elveleiet. Da Gaula har liten naturlig selvregulering i sjøer og vann, er flommene ofte store og plutselige og volder skade. Gaula ansees derfor å være blant Norges farligste flomelver.
Fra historisk tid kjenner man tre katastrofeflommer i Gaula: I 1345, 1675 og 1789 (Storofsen). I 1940 var vannstanden ved Haga bru og Gaulfossen hhv. 7,60 m og 14,50 m over lavvannstand og vannføringen 3060 m3/s. Ved Rognes og Støren raserte flommen jernbanestasjonene, og bruddene på jernbanelinjer og riksveier samt skadene på bebyggelse og dyrket mark var betydelige.
Også 1995 var det flom i Gaula, ved Haga bru var vannføringen på det meste 1318 m3/s. I august 2011 gjorde elva skade for 16 millioner kroner under en flom som spesielt rammet Holtålen.
Til beskyttelse av elvebredden er det utført omfattende forbygningsarbeider.