På grunn av sitt velsmakende kjøtt og næringsrike spekk har nisene historisk vært utnyttet både i Østersjøen og i danske kystfarvann. På 1800- og 1900-tallet var fangstene betydelige (1000–2000 dyr per år), men etter andre verdenskrig opphørte denne fangsten. I Norge har kystbefolkningen jaktet nise i århundrer, noe som blant annet manifesteres ved at arten ofte forekommer i helleristninger. Også sjøsamene har lange tradisjoner med fangst av nise. Nisefangsten har i større og mindre grad foregått på det meste av norskekysten, og på begynnelsen av 1900-tallet var det årlige uttaket trolig rundt 3000 dyr. Fangstredskapene har inkludert både pil og bue, harpuner, rifler og garn.
I dag er nisa fredet i de fleste land, Norge inkludert. I våre nærområder er det bare på Grønland man kan jakte nise, hvor de årlige fangstene i seinere år har økt fra noen hundre til rundt 2500 dyr.
Bifangst i fiskeredskap er en alvorlig trussel mot nise i hele artens utbredelsesområde. Den lille og kystnære nisa går seg ofte fast i fiskegarn, i Norge særlig i garn som brukes i torsk- og breiflabbfiske. Langs norskekysten drukner hvert år rundt 1600 niser i stormaskede garn, antall druknede dyr per år ser ut til å ha avtatt noe de aller siste årene. Problemer med bifangst av nise har vært store også i andre områder, for eksempel i dansk garnfiske i Nordsjøen, i garnfiske på Island og i amerikansk garnfiske på østkysten av USA. I Danmark og USA har man klart å redusere bifangstene med opptil 90–100 prosent; både ved å redusere fiskeinnsatsen i noen områder, men også ved å montere såkalte «pingere» på garnlenkene. Dette er akustiske alarmer som gjør at nisene oppdager garna og dermed unngår å bli fanget. Forsøk med «pingere» gjøres nå også i norske garnfiskerier.
Dagens forvaltning av nise i våre farvann skjer i Den Nord-Atlantiske Sjøpattedyrkommisjonen (NAMMCO).