I mellomkrigstiden ble det også utviklet en type teori som utfordret den ovennevnte typen teorier på en mer grunnleggende måte. Teorien sprang ut av sosialpsykologisk teori og ble ofte omtalt som «human relations»-teori, «mellommenneskelig teori». Også på norsk omtales den nesten bare etter sin engelske betegnelse.
Mens alle de ovennevnte typer teori i stor grad springer ut av stiliserte rasjonalistiske forutsetninger om menneskelig psykologi, springer den mellommenneskelige teorien ut av forutsetninger om at menneskets behov er komplekse og at man vil misforstå organisasjoner, og lede dem på en uheldig måte, om man ikke tar hensyn til behovskompleksiteten.
Denne teorien er ført videre etter krigen i ulike retninger. Typisk for retningen er at den legger vekt på motivasjon og at motivasjon er knyttet til mer enn lønn. En rekke forsøk med delegering av ansvar, despesialisering av arbeidsoppgaver, bedriftsdemokratisering og personlig preget ledelse har hentet inspirasjon fra denne teoritradisjonen.
Den vitenskapelige og rasjonalistiske teoritradisjonen er etter krigen også utfordret fra sosiologisk hold. Sosiologer har særlig vist hvordan den andre tradisjonen har oversett betydningen av den uformelle organisasjon; det vil si av de sider ved organisasjonen som er «private» og uoffisielle. Statsvitere har utfordret den samme tradisjonen ved å påpeke at organisasjoner også er politiske systemer, det vil si systemer der deltagerne slåss eller konkurrerer om makt.