Tanken om et universitet i Nord-Norge har røtter lengre tilbake enn vedtaket om UiT i 1968. Alt i 1919 ble fondet «Nord-Norges Universitet» opprettet etter initiativ av grosserer Hans A. Meyer i Mo i Rana, med formål blant annet å støtte vitenskapelig virksomhet i Nord-Norge. Dessuten er flere av enhetene som ligger under UiT langt eldre enn selve universitetet, Tromsø Museum ble etablert i 1872 og Nordlysobservatoriet i 1928.
Da UiT ble etablert, var distriktspolitiske hensyn viktig. Målet var å gi ungdom fra Nord-Norge bedre mulighet til høyere utdanning og å sikre rekruttering av fagfolk til landsdelen. Etableringen møtte mye kritikk. Kritikken gikk særlig ut på at rekrutteringsgrunnlaget av forskere og studenter var for dårlig til å etablere et miljø med levedyktig størrelse og til å opprettholde et faglig forsvarlig nivå. UiT kom likevel til å vise seg levedyktig, og har vokst til en av Norges viktigste forsknings- og utdanningsinstitusjoner.
For organiseringen av universitetet var det et mål å skape gode forhold for samarbeid og integrasjon mellom fagene, blant annet med sikte på tverrfaglige studier og forskning. Det ble opprinnelig organisert i storinstitutter uten fakulteter; fakultetsorganisasjonen ble først innført i 1997, og i 2009 ble nåværende struktur med seks fakulteter etablert.
Fra 1. januar 2009 ble Universitetet i Tromsø og Høgskolen i Tromsø slått sammen under navnet Universitetet i Tromsø.
-
Høgskolen i Tromsø (HiTØ) hadde vært i virksomhet siden 1994, og var en sammenslutning av de tidligere regionale høgskolene Tromsø lærerhøgskole, Tromsø helsefaghøgskole, Tromsø maritime høgskole og Nordnorsk musikkonservatorium. HiTø hadde avdelinger for helsefag; lærerutdanning; kunstfag; ingeniør- og økonomifag.
I 2013 ble ytterligere en sammenslutning gjennomført da UiT ble slått sammen med Høgskolen i Finnmark:
-
Høgskolen i Finnmark (HiFm) hadde blitt opprettet i forbindelse med høgskolereformen i 1994, ved sammenslutning av de regionale høgskolene Alta lærerhøgskole, Finnmark distriktshøgskole og Finnmark sykepleierhøgskole. Etter fusjonen med Høgskolen i Finmark heter institusjonen Universitetet i Tromsø – Norges arktiske universitet.
Fra 1. januar 2016 universitetet også slått sammen med Høgskolen i Harstad og Høgskolen i Narvik:
-
Høgskolen i Harstad (HiH) ble opprinnelig opprettet i 1983, og ble senere slått sammen med Røde Kors Sykepleierhøgskole for Nord-Norge, Vernepleierhøgskolen og Revisorhøgskolen. HiH hadde i 2015 ca. 1500 registrerte studenter fordelt på et institutt for helse- og sosialfag og et for økonomi og samfunnsfag.
-
Høgskolen i Narvik (HiN) ble opprettet 1994 ved sammenslutning av de regionale høyskolene Narvik ingeniørhøgskole og Nordland sykepleierhøgskole, avdeling Narvik. HiN hadde i 2015 ca. 1700 studenter fordelt på to avdelinger: Avdeling for helse og samfunn og Avdeling for teknologi.