Sofie Amalie besatt godsene Dronninggård og Hørsholm på Sjælland, og fikk som livgeding (enkepensjon) krongodset på Lolland og Falster, med Nykøbing slott, samt Maribo kloster. Som enke bodde hun på Sophie-Amalienborg.
Hennes sønn, kong Christian 5., tok etter hvert mindre hensyn til moren og styrte på sin måte. Sofie Amalie kranglet også med svigerdatteren, dronning Charlotte Amalie, om rangspørsmål.
Politisk ønsket Sofie Amalie en allianse med Frankrike og Sverige, og som et ledd i disse bestrebelsene gikk hun inn for å få sin datter Ulrika Eleonora gift med den svenske kongen Karl 11. Dette lyktes også, og resultatet av forbindelsen ble «hjältekungen» Karl 12., som var sin mors hjemlands svorne fiende helt til han ble skutt foran Fredriksten festning ved Halden i 1718.
Det har vært hevdet at Sofie Amalie var den av de danske dronningene som har hatt størst innflytelse, og dette er tilskrevet hennes temperament, maktvilje og politiske aktivitet. Hun var hard mot fiender og snill mot venner og slekt, og fikk kulturell innflytelse som kunstmesen.