Han tilstrebet en syntese av de eldre fransiskaneres augustinske lære ved Giovanni di Fidanza Bonaventura med Aristoteles, som han stod mer kritisk overfor enn dominikaneren Thomas Aquinas. Aquinas hadde konstruert en monumental tankebygning som søkte å harmonisere tro og viten under intellektets førerskap.
Duns Scotus ga tenkningen en annen retning. Han la mindre vekt på intellektet, det avgjørende var viljen. Guds vesen er uinnskrenket vilje, hevdet han. Det gode er godt fordi Gud vil det. Likevel har Gud frivillig bundet seg til en frelsesplan; her blir det plass for menneskets vilje, som i noen grad kan gjøre det fortjent til nåden. Fornuften er autonom på sitt område, men troen kan ikke grunnes på fornuftsbevis, den må støtte seg til religionens autoritet. Troen er en viljessak og teologien en praktisk vitenskap hvis formål er sjelens frelse.
På grunn av den nye spenningen mellom tro og viten utgikk det fra Duns Scotus' lære impulser til et rikt kirkeliv. Samtidig er scotismen et forstadium for nominalismen i senmiddelalderen (og dermed indirekte for Luther), og for den nyere tids kritiske filosofi.