Primærnæringene utgjør i alt 24 prosent av arbeidsplassene i Flakstad (2020). Dette er den høyeste andelen i disse næringene blant kommunene i Nordland, og skyldes først og fremst fiskets dominerende rolle i kommunens næringsliv. Fiskeflåten består hovedsakelig av mindre båter, og lofotfisket er det dominerende fisket. Største fiskevær er Napp. Det er flere fiskeoppdrettsanlegg i kommunen.
Den hjemmehørende flåten i kommunen ilandbrakte i 2020 en fangst til en førstehåndsverdi på 208,6 millioner kroner, som utgjorde totalt 12 248 tonn rundvekt, hovedsakelig torsk og liknende arter. Lokalt til mottakene i Flakstad ble det dette året ilandført 9858 tonn rundvekt, til en førstehåndsverdi på 210,2 millioner kroner. Også dette hovedsakelig torsk.
Driften i jordbruket er basert på husdyrhold, særlig saue- og storfehold.
Industrien i kommunen utgjorde i 2020 rundt 9,4 prosent av kommunens arbeidsplasser. Inkluderes bygge- og anleggsvirksomhet samt kraft- og vannforsyning, er andelen på 19,3 prosent. Disse næringene er nært knyttet til fisket, med 75 prosent av næringens ansatte i næringsmiddelindustri (fisketilvirkning) og ytterligere 14 prosent i verkstedindustri (2020). Det er bedrifter innen fisketilvirkning i Fredvang, Mølnarodden, Sund, Ramberg og Napp, samt slipp i Skjelfjord og mekanisk verksted i Sund.
Flakstad har lite vannkraftproduksjon. Kommunen har ett vannkraftverk, Solbjørn (i drift fra 1956), med en årlig produksjon på 9,78 gigawattimer (gjennomsnitt 1993-2020). Kraftverket er eid av Lofotkraft Produksjon.
Av Flakstads bosatte yrkestakere i 2020 hadde rundt 32 prosent arbeid utenfor kommunen. De fleste finner man i nabokommunen Vestvågøy, mens de resterende er spredt mellom øvrige kommuner i Lofoten og noe i Ofoten.