Gården er nevnt allerede på Håkon Håkonssons tid (1217–1263) og var en tid i Bjarkøyættens eie. Senere har den vært adelig setegård og tilhørt blant andre Erik Rosenkrantz og Preben von Ahnen, til den i 1675 ble kjøpt av Peder Tønder. I 1679 ble gården stamhus i Tønders slekt. I 1755 gikk Dønnes ved giftermål over til slekten Coldevin, som satt med gården til 1911.
Godset omfattet på det meste eiendommer fra Salten i nord til Namdalen i sør, til sammen mer enn 500 bruk, foruten utmarksområder på flere millioner dekar, blant annet de tidligere allmenningene i Rana. Alle gårder og bruk som lå under hovedgården er senere frasolgt.
På 1800-tallet og på begynnelsen av 1900-tallet ble Dønnes gård drevet etter de dengang mest moderne jordbruksprinsipper. Blant annet var landets første traktor i bruk på Dønnes fra 1908, og en av de mest hardføre byggsortene, Dønnes-bygg, er foredlet her. Gården eies siden 1916 av slekten Løvdahl og drives fra 2010 som gjestegård med restaurant og overnatting.