Станислав Сергеевич был женат дважды. В первом браке с актрисой Юноной Каревой у него родился сын Сергей. Супруги разошлись, когда ребенку был всего год. В 1988-м Сергей Говорухин окончил сценарный факультет ВГИКа. Он работал сварщиком, монтажником, строителем на Крайнем Севере. В качестве военного корреспондента освещал события в горячих точках: на Северном Кавказе, в Таджикистане, Афганистане и Югославии.
Позже стал режиссером, сценаристом и писателем. В 1995-м в Грозном во время съемок получил огнестрельное ранение, которое привело к ампутации ноги. В 1996 году Сергей создал региональную общественную организацию ветеранов-инвалидов межрегиональных конфликтов в Таджикистане и Чечне.
Сергей Говорухин скончался в 2011-м, когда ему был 51 год, от инсульта. Он был трижды женат. Вторая жена Инна родила в 1990-м сына Станислава, третья, Вера, в 1998-м – сына Василия. В конце декабря 2010-го на свет появилась его внебрачная дочь Варвара.
«Я испытываю патологическую любовь к младшему сыну. И самый главный конфликт с женой в том, что я не то что наказывать, я дыхнуть на Василия боюсь. Репрессивный орган у нас мама Вера. А что касается моего отца, то Станиславу Сергеевичу я благодарен, что он не вмешивался в мою жизнь. Конфликтов у нас нет, только споры на почве творчества… Но поскольку в свое время мне очень не хватало отца, я стараюсь, чтобы у моих детей не было такой проблемы», – говорил Сергей в одном из последних интервью.
Про детей режиссера практически ничего не известно, они ведут непубличный образ жизни. Станислав Сергеевич Говорухин-младший окончил факультет востоковедения Университета дружбы народов, знает китайский язык. СМИ писали, что дети между собой общаются.
После смерти Станислава Говорухина-старшего, актриса Анастасия Мартцинковская заявила, что растит от него сына, страдающего ДЦП. Она подала иск в суд «Об установлении факта признания отцовства и вступления в наследство», но суд ее иск отклонил.