Kôm Ombo était sous les pharaons appelée Nubt, ce qui signifie la ville de l'or. Nubt est aussi connue sous le nom de Nubet ou Nubyt (Nbyt)[6]. La ville est devenue une implantation grecque pendant la période gréco-romaine. La position de la ville la plaçait sur la route commerciale reliant la Nubie à la Moyenne-Égypte, mais son essor principal date de l'érection du temple de Sobek et Haroëris au IIe siècle av. J.-C.
Le temple de Sobek et Haroëris date de la période ptolémaïque, avec des ajouts faits à l'époque romaine. Ce temple double est dédié à deux divinités égyptiennes : le dieu-faucon Haroëris (Horus l'ancien) et le dieu crocodile Sobek.
À l'avant du temple se trouve une chapelle dédiée à Hathor, où sont entreposées les momies des crocodiles provenant de la sépulture voisine.
On trouve une scène rare gravée sur le mur d'enceinte : c'est une liste d'instruments de chirurgie.