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El Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, comúnmente conocido como Inquisición española, fue una institución fundada en 1478 por los Reyes Católicos que, bajo el control directo de la Corona, estaba encargada de mantener la ortodoxia católica en sus reinos. La Inquisición española tiene precedentes en instituciones similares existentes en Europa desde el siglo XII, especialmente la fundada en Francia en el año 1184. Su abolición fue aprobada por Napoleón mediante decreto de 4 de diciembre de 1808, en el contexto de la guerra de la Independencia; pero no se abolió definitivamente en todo la Monarquía hasta el 15 de julio de 1834, durante la regencia de María Cristina de Borbón, encuadrada en el inicio del reinado de Isabel II.

La Inquisición, como tribunal eclesiástico, solo tenía competencia sobre cristianos bautizados. Durante la mayor parte de su historia, sin embargo, al no existir libertad de culto ni en España ni en sus territorios dependientes, su jurisdicción se extendió a la práctica totalidad de los súbditos del rey de España. Así las cosas, desde la creación de los tribunales americanos, nunca tuvo jurisdicción sobre los indígenas. El rey de España ordenaba «que los inquisidores nunca procediesen contra los indios, sino contra los cristianos viejos y sus descendientes y las otras personas contra quien en estos reinos de España se suele proceder».