ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানীর শাসনামলে বাংলার তৎকালীন গভর্ণর জেনারেল লর্ড উইলিয়াম বেন্টিং ১৮২৯ সালে রাজস্ব ব্যবস্থা নিশ্চিতকরণ ও শাসন ব্যবস্থাকে দৃঢীকরণের উদ্দ্যেশে বাংলার কয়েকটি জেলা নিয়ে একটি বিভাগের সৃষ্টি করেন। সে সময় বিভাগীয় প্রধানের পদবী হয় বিভাগীয় কমিশনার(Divisional Commissioner) । একই বছর (১৮২৯) বর্ধমান, প্রেসিডেন্সী, ঢাকা, রাজশাহী ও চট্টগ্রাম বিভাগের সৃষ্টি হয়।

১ অক্টোবর ১৯৬০ খুলনা বিভাগ প্রতিষ্ঠিত হয় এবং প্রথম বিভাগীয় কমিশনার হিসেবে জনাব এম মঞ্জুর-ই-ইলাহী যোগদান করেন।খুলনা বিভাগস্থ ১০টি জেলার প্রশাসনিক কেন্দ্র খুলনা বিভাগীয় কমিশনারের কার্যালয়। বিভাগীয় কমিশনারের দিকনির্দেশনা ও তত্বাবধানে জেলা প্রশাসকগণ প্রশাসনিক কর্মকান্ড পরিচালনা করেন। বিভাগীয় কমিশনার বিভাগীয় আইন শৃংখলা কমিটির সভাপতি, বিভাগীয় উন্নয়ন সমন্বয় কমিটির সভাপতি, বিভাগের প্রধান রাজস্ব কর্মকর্তা, চোরাচালান প্রতিরোধ সংক্রান্ত আঞ্চলিক টস্কফোর্সের সভাপতি, বিভাগীয় বাছাই কমিটির সভাপতি, বিভাগীয় ক্রীড়া সংস্থার সভাপতি।

বিভাগীয় কমিশনারের কার্যালয়ের জনবল

কমিশনার -০১

অতিরিক্ত বিভাগীয় কমিশনার-০২

পরিচালক স্থানীয় সরকার-০১

উপ-পরিচালক স্থানীয় সরকার-০১

সহকারী কমিশনার-০৪

কানুনগো-০১

প্রধান সহকারী-০৩

স্টেনো-টাইপিস্ট-০৩

উচ্চমান সহকারী-০৭

অফিস সহকারী-১১

অফিস সহকারী কাম কম্পিউটার-০৩

ড্রাইভার-০৬

এমএলএসএস-১২

দপ্তরী-০১

ফরাস-০১

নৈশ প্রহরী-০১

সুইপার-০২

ষাটের দশকের শুরুতে সৃষ্ট খুলনা প্রতিষ্ঠার জন্য বয়রা মৌজার মোট ৯৯ একর জমি অধিগ্রহণ করা হয়। অধিগ্রহণকৃত জমিতে বিভাগীয় পর্যায়ের সকল অফিস স্থাপনের সিদ্ধান্ত হয়। বর্তমানে উপ-বিভাগীয় পুলিশ কমিশনার, পরিচালক স্বাস্থ্য, উপ-পরিচালক মৎস্য বিভাগ, আঞ্চলিক পরিচালক খাদ্য বিভাগ, যুগ্ন নিবন্ধক সমবায়, উপ-পরিচালক বাংলাদেশ কর্মচারী কল্যাণ বোর্ড, উপ-পরিচালক কৃষি বিপনন অধিদপ্তর, জোনাল সেটেলমেন্ট অফিসারের কার্যালয়, উপ-ভূমি সংস্কারকের কার্যালয়, যুগ্ন পরিচালক শ্রম অধিদপ্তর, আঞ্চলিক লোক প্রশাসন প্রশিক্ষন কেন্দ্র, পরিচালক পরিবেশ অধিদপ্তর, বিভাগীয় হিসাব নিয়ন্ত্রক, পরিচালক দুর্নীতি দমন কমিশন, উপ-পরিচালক প্রাথমিক শিক্ষা, উপ-পরিচালক মাধ্যমিক ও উচ্চ শিক্ষা,অতিরিক্ত প্রধান প্রকৌশলী, গণপূর্ত অধিদপ্তর প্রভৃতি।