המשפט הבינלאומי קובע את המסגרת הנורמטיבית המחייבת את ישראל בפעולותיה בשטחים. ההוראות הרלוונטיות מעוגנות בשני ענפי משפט עיקריים: המשפט ההומניטארי הבינלאומי והמשפט הבינלאומי העוסק בזכויות האדם. בעבר היה מוסכם כי הם אינם חלים בו זמנית: המשפט ההומניטארי חל בעת סכסוכים מזויינים ובעת כיבוש, ומשפט זכויות האדם חל בעת שלום.
במקום לראות בהוראות המשפט הבינלאומי מצפן מוסרי, ישראל עושה בו שימוש ציני כמדריך להפרה שיטתית של זכויות האדם
ואולם, במהלך השנים השתנו התפיסות המשפטיות המקובלות והבחנה זו היטשטשה. כיום מקובל כי דיני זכויות האדם ממשיכים לחול גם בזמן מלחמה וכיבוש, במקביל לכללי המשפט ההומניטארי הבינלאומי. מאחר שההגנה שמספק המשפט ההומניטארי לאזרחים ולקורבנות המלחמה צרה יותר מזו שמקנה משפט זכויות האדם, תפיסה זו מרחיבה באופן משמעותי את ההגנה על אזרחים במהלך סכסוכים מזויינים. במקרים החריגים שבהם ישנה התנגשות בין כללים של המשפט ההומניטארי לכללי זכויות האדם בעת סכסוך מזויין – מוסכם כי תינתן עדיפות להוראותיו של הראשון.
המשפט ההומניטארי מסדיר את הכללים החלים על הצדדים הלוחמים במהלך לחימה. כללים אלה נועדו לצמצם עד כמה שניתן את הפגיעה באזרחים ובלוחמים שיצאו ממעגל הלחימה – כמו פצועים ושבויי מלחמה. לצורך כך, מגבילים כללים אלה את שיטות הלחימה ואת אמצעי הלחימה וקובעים, בין השאר, כי מותר לכוון התקפות רק למטרות צבאיות (עקרון ההבחנה), וגם אז – רק בתנאי שהפגיעה באזרחים אינה עולה על היתרון הצבאי הצפוי מההתקפה (עקרון המידתיות).
המשפט ההומניטארי קובע גם את הכללים החלים על מדינה כובשת. על פי כללים אלה, הכיבוש הוא – מעצם הגדרתו – זמני והכובש לעולם אינו הריבון בשטח. מארעיותו של הכיבוש נובעות ההגבלות החלות על הכוח הכובש ובעיקר הכלל האוסר עליו לבצע שינויים של קבע בשטח הכבוש, אלא אם אלה נועדו לטובת האוכלוסייה המקומית או לצרכיו הצבאיים המידיים. בין היתר, נאסר על המדינה הכובשת לשנות את החוקים החלים בשטח, להקים יישובי קבע, לנצל את משאבי השטח הכבוש ועוד. כללים אלה גם קובעים שהאוכלוסייה שגרה בשטח הכבוש לפני שנכבש היא "אוכלוסייה מוגנת" ואוסרים על הטלת עונשים קולקטיביים על אוכלוסייה זו, על מעשי אלימות, על הפקעת רכושם הפרטי של התושבים, על פגיעה בכבודם ועל גירושם מבתיהם.
בנוסף להוראות אלה, מחויבת ישראל לקיים בפעולותיה בשטחים גם את הוראות המשפט הבינלאומי לזכויות האדם. ב-1948 התקבלה בעצרת הכללית של האו"ם ההכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם, שקבעה כי כל בני האדם נולדו בני חורין ושווים בערכם ובזכויותיהם, ואסור להפלות ביניהם. בנוסף עוגנו בהכרזה הזכות לחיים, הזכות לחירות והזכות לביטחון אישי ונאסרו בה עבדות, עינויים ומעצרים שרירותיים. ההצהרה מתייחסת גם לזכותם של כל בני האדם לשוויון בפני החוק, לביטחון סוציאלי ולרמת חיים נאותה, לזכותם להקים משפחה ללא הגבלה מטעמי גזע, אזרחות או דת ולזכותם לחירות המצפון, המחשבה והדת.
על בסיס הכרזה זו, ניסחו מדינות העולם שורה של אמנות נוספות במהלך השנים. שתי האמנות המרכזיות נחתמו באו"ם ב-1966: האמנה הבינלאומית בדבר זכויות אזרחיות ומדיניות והאמנה הבינלאומית בדבר זכויות כלכליות, חברתיות ותרבותיות. אמנות אלה שבו והדגישו את חובתן של המדינות, כמפורט בכל אמנה, להגן על זכויות האדם של כל בני האדם הנמצאים בתחום שיפוטן, והוסיפו גם שתי זכויות קולקטיביות: זכותם של כל העמים להגדרה עצמית, וזכותם לשימוש במשאביהם הטבעיים על פי ראות עיניהם. בשנים שלאחר מכן נוסחו אמנות נוספות, בהן האמנה בדבר ביטול האפליה נגד נשים לצורותיה משנת 1979; האמנה נגד עינויים ויחס אכזרי, בלתי אנושי או משפיל אחר משנת 1984; והאמנה בדבר זכויות הילד משנת 1989.
כללים אלה של המשפט הבינלאומי – הן המשפט ההומניטארי והן משפט זכויות האדם – נועדו להגביל את מרווח שיקול הדעת של המדינות, על מנת להבטיח הגנה מסוימת על זכויות אדם. מאחר שמדינות אינן מוותרות על סמכויותיהן בקלות, הכללים שעוגנו בסופו של דבר באמנות כוללים גם סייגים וחריגים (שניתן להסתמך עליהם בנסיבות המפורטות באמנה), המאפשרים לפגוע בנסיבות מסוימות באותן זכויות שעוגנו בהן. בהתחשב בכך, המשפט הבינלאומי הוא פשרה והוא מקנה הגנה חלקית בלבד – העדיפה על העדר הגנה בכלל – על זכויות האדם.
הבעיה העיקרית במערך המשפט הבינלאומי היא היעדרם של מנגנוני אכיפה יעילים. המנגנונים הקיימים הם מסורבלים, איטיים, ורובם מטפלים במקרים פרטניים בלבד ולא ברמת המדיניות ובאחראים לה. בנוסף, קביעת סדרי העדיפויות ובחירת המקרים שמטופלים בהם מושפעת בדרך כלל מלחצים פוליטיים ומיחסי הכח בעולם. עקב כך, מידת הציות של מדינות, ובכללן ישראל, להוראות אלה תלויה בעיקר ברצונן הטוב ובלחץ הבינלאומי והדיפלומטי המופעל עליהן – אם בכלל – על ידי מדינות אחרות או על ידי גופים בינלאומיים.
למרות כל זאת, ועל אף מגבלותיו, המשפט הבינלאומי קובע כללים שנועדו לצמצם ככל הניתן את הפגיעה בזכויות האדם על ידי רשויות המדינה, ומכאן חשיבותו. ואולם, ישראל מתחמקת מלקיים אפילו את המינימום הזה, שאליו היא מחויבת בפעולותיה בשטחים.
כך, בנוגע למשפט הבינלאומי העוסק בזכויות האדם, טוענת ישראל כי הוא כלל אינו מחייב אותה בפעולותיה בשטחים, שכן פורמלית אין מדובר בשטחה הריבוני. ישראל אכן אינה הריבון בשטחים, אך עובדה זו אינה גורעת כהוא זה מחובתה לקיים את הוראות המשפט הבינלאומי העוסק בזכויות האדם. העמדה הישראלית אינה מקובלת על משפטנים בינלאומיים והיא שבה ונדחתה על ידי בית המשפט הבינלאומי לצדק (ICJ) ועל ידי כל ועדות האו"ם האמונות על יישום אמנות זכויות האדם השונות, שחזרו וקבעו שמדינות חייבות לקיים הוראות אלה בכל מקום שיש להן בו שליטה אפקטיבית.
בנוגע להוראות המשפט ההומניטארי הבינלאומי העלתה המדינה במהלך השנים טענות שונות בניסיונות להתחמק מיישומו. בשנים הראשונות שלאחר הכיבוש טענה המדינה כי השטחים כלל אינם "כבושים", שכן לפני שישראל השתלטה עליהם, הם לא היו בריבונות מוכרת של מדינה אחרת. לפיכך, היא אינה מחויבת לקיים את הכללים החלים במצב של כיבוש. עם זאת, ישראל הודיעה כי, לפנים משורת הדין, היא תקיים את "הוראותיה ההומניטאריות" של אמנת ג'נבה הרביעית העוסקת בהגנה על אזרחים. ישראל מעולם לא פירטה אילו הוראות נחשבות בעיניה לכאלה.
ואולם לתפיסה זו אין כל אחיזה במשפט ההומניטארי הבינלאומי, שתחולת הוראותיו כלל אינה מותנית בהכרה בריבונות קודמת. משפט זה גם אינו עוסק בשאלה מי פתח במלחמה, מי ניצח בה או מי הצד הצודק. כל שנקבע הוא שהמדינה בעלת השליטה האפקטיבית בשטח חייבת להגן על בני האדם שאינם אזרחיה – המוגדרים "אוכלוסייה מוגנת" – ואשר חיים באותו השטח. בנוסף, המשפט ההומניטארי הבינלאומי כשמו כן הוא: כל הוראותיו נחשבות להומניטאריות, והאמנות הן מקשה אחת שיש לקיים במלואה.
במהלך השנים קידמה המדינה לצד טענות אלה, את הטענה שממילא מעשיה בשטחים "חוקיים" ונעשים בהתאם להוראות המשפט הבינלאומי: הקמת עשרות התנחלויות בתוך שטח הגדה וגזילת מאות אלפי דונמים חוקית, שכן מדובר במעבר מרצון של אזרחיה אל השטחים; השחתת אלפי דונמים של שטחים חקלאיים חוקית, שכן הדבר נעשה בהתאם לחריג הצר שמתיר הרס רכוש פרטי במקרה של "צרכים צבאיים"; מעצרם המנהלי של אלפי פלסטינים חוקי, שכן כולם נכלאו לצורך מניעת פשע עתידי ולמען הביטחון; ומעל הכול – הריגתם של אלפי פלסטינים במהלך סבבי הלחימה החוזרים ברצועת עזה חוקית, שכן כל אלו נהרגו על פי עקרונות היסוד של המשפט ההומניטארי, עקרון ההבחנה ועקרון המידתיות. כמעט תמיד, טענות אלה התקבלו על ידי שופטי בית המשפט העליון.
הוראות המשפט הבינלאומי אינן כללים משפטיים תיאורטיים: הן נקבעו על מנת לספק הגנה מינימאלית, גם בנסיבות של מלחמה או כיבוש, לבני אדם שאין להם כל הגנה אחרת. פרשנויות אלה, שנועדו להצדיק את הפגיעה הקשה של ישראל באוכלוסייה האזרחית בשטחים, מנותקות לחלוטין ממטרות אלה ונועדו לשרת תכלית הפוכה: לתת כסות של חוקיות למעשים שלא ניתן להצדיקם ולשלול את ההגנה המינימלית שניתנה לבני אדם מחוסרי כל הגנה. לנוכח זאת, פרשנויות אלה נדחו על ידי רוב המשפטנים – בעולם ובישראל – העוסקים במשפט הבינלאומי. ברור כי כללי המשפט הבינלאומי – כמו כל כלל משפטי – נתונים לפרשנויות שונות. ואולם הפרשנות שמציעה ישראל היא בלתי סבירה, שגוייה משפטית ומרוקנת מתוכן את הוראותיו של משפט זה.
במקום לראות בהוראות המשפט הבינלאומי – הן המשפט ההומניטארי והן זה העוסק בזכויות האדם – מצפן מוסרי, ישראל עושה בו שימוש ציני כמדריך להפרה שיטתית של זכויות האדם. הוראות אלה מונחות בפני שופטי בית המשפט העליון, בפני עורכי הדין בפרקליטות המדינה, בפני קצינים בפרקליטות הצבאית – וכל אלה מוצאים את הדרכים לפרש אותן ולתמרן סביבן כשמטרתם אחת: לשוות כסות של חוקיות להפרתן. המדיניות הישראלית בכל רחבי השטחים חותרת כבר למעלה מחמישים שנה הרחק מההגנה, אל מחוזות ההפקרה. התוצאה של מהלכים אלה כלל איננה תיאורטית: נישול, דיכוי, התעמרות והרג – בחסות פרשנויות פורמליסטיות-חלולות של הכללים שנועדו למנוע את כל אלה.