第三季故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推选为政治领袖（相当于总统）。但他大多数时间不是待在办公室里处理政务，还是率领军队顽强抵抗外星入侵者的一次次进攻。与前任Manchester博士比起来，Tom在对待外星人的态度上更具侵略性也更主动。查尔斯顿政府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系，Tom让「突击者」起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引发了一些人类的不满，两个种族的关系持续紧张。「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府与「突击者」起义军之间的联络人。无论人类还是「突击者」都明白，他们即便联手也很难打败强大的敌人——此前被第二独立团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni。虽然他们的君王已死，但另一个更强大、更邪恶的君王刚刚继承了统治权。更糟糕的是，一个全新的外星种族在双方激战正酣时抵达地球并迅速投身战场。

故事时间已经过去七个月，Tom Mason被查尔斯顿人民选为新美利坚合众国的总统，而Dan Weaver上尉也荣升上校。为了营救在一个矿坑里打工的受奴役的地球青少年，抵抗军决定发动一次大规模的突击行动。负责看守矿坑的重甲战士和突击者全部被击溃，一切看起来都很顺利……

Ben Mason和他的搭档来到一处山头侦察Espheni的生产基地。Espheni以附近一座核电站为能量来源大批量建造超级重甲战士，许多受奴役的人类青少年因为感染核辐射而死亡。

在外星人入侵两周年纪念日到来之际，查尔斯顿的居民正忙着为另一次毁灭性的攻击做好防御准备。一个令人意想不到的狙击手发动令人意想不到的袭击，在新美国政府内部引发各种质疑和猜测。Hal确信他已经知道间谍的真实身份。Anne对Alexis的担忧与日俱增。

依靠Volm人的先进武器，查尔斯顿再次击退了Espheni军队的疯狂进攻。昔日的美国总统（Stephen Collins）听说此事后对那些先进武器颇感兴趣，邀请Tom Mason前去会谈。与此同时，Hal拼命抵抗心魔对自己的控制；Ben对自己现在的身份产生困惑，对重新做人也有畏惧感。Anne发现一个令人震惊的新情况，可能危及整个查尔斯顿的安全。

Tom与总统的会谈因敌人突然入侵而被迫中断，两人分乘两架飞机逃走（总统强行把Cochise留在自己的座机上）。Espheni战机在途中拦截两架飞机，总统的座机被击落，Tom和Pope的飞机随后也被击中，坠毁在密林深处。Tom和Pope必须依靠彼此来求得生存。与此同时，Weaver和查尔斯顿军民四处寻找神秘失踪的Anne和Alexis。Tom的副手Marina（Gloria Reuben）将Tom的权威抛在一边，擅自对查尔斯顿军民发号施令。

在寻找Anne和Alexis的路上，Tom和Ben遇到一个前来通风报信的突击者起义军战士。他试图说出重要情报，但因为伤势过重没说完关键部分就死了。Tom和Ben回头警告Matt和Hal，父子四人骑马上路。一处路障拦住了他们的去路，几个蒙面人跳出来要求他们交出马匹和所有物资。Mason父子处于劣势，只能乖乖照办。他们偷偷跟在这群人身后找到了他们的居所——原来这也是一家人（Pickett家族）。Mason父子决定暗中动手制服对方，但与Hal对抗的家伙掏出一把匕首企图置Hal于死地。刚刚弄到枪的Matt当然不愿意看着哥哥被杀死，于是朝这家伙开了一枪。Mason父子控制局面以后，Ben负责照料被打伤的家伙，Tom、Hal和Matt则看守着Pickett家的其他成员。尽管双方充满敌意，但Tom还是和对方的家长找到了共同话题——毕竟他们都是父亲，他们都想照顾好家人。Tom劝说Pickett家到查尔斯顿去安身，但Pickett家老大坚持要留在树林里（他们家的小屋已经传了三代人）。被Matt打伤的家伙是Pickett家老大的兄弟。听说他要死了（注：后面的剧情并未明确交代他的死活），Pickett家老大央求Tom让他见他最后一面。Tom答应了Pickett家老大的要求，但这家人却恩将仇报，夺过枪来要处决Mason父子。Pickett家的女儿终究不愿意看着自己的家人杀人，于是抱住了父亲的大腿。Tom等人乘机夺回了武器，重新控制了局面。Mason父子带上自己的东西离开了Pickett家的房子。他们在路上发现一群重甲战士和突击者朝Pickett家所在的位置进发，Tom决定回去帮助他们。他落入外星人设下的圈套，被生擒活捉。在查尔斯顿，新任总统Marina命令John Pope「搬家」（包括他经营的酒吧）以腾出地方安置更多的移民，遭到Pope的拒绝。正当双方关系紧张的时候，Cochise突然回来了。他虽然样子有点惨，但他带回来的重伤员情况更糟——Hathaway总统！晚些时候，Pope在酒吧里煽动「叛乱」，Weaver上校亲手逮捕了他。尽管自己的情况不容乐观，但Hathaway总统仍忘不了自己是总统——他躺在医院的病床上就开始发号施令，特别要求Cochise解释Volm超级武器的真正用途及其「对能量的过分需求」。Hathaway总统同意继续研发Volm超级武器——尽管他们谁也不了解它的真正功用。Weaver和Marina都反对Hathaway总统这么做，于是Hathaway要求亲眼看一看Volm超级武器。随后Cochise把Weaver、Marina和Hathaway总统带到超级武器的建造现场，并说出了超级武器的超级秘密：武器中设计了一个自毁装置，以防止武器的辐射水平伤害到地球的环境。但这个自毁装置也可能出现反效果，导致地球上的生命在短时间内永远消失（Espheni和受到轭具控制的地球人类不受影响）。Weaver意识到Pope对Volm人的怀疑不是没有道理，于是悄悄释放了Pope。Weaver对Pope所说的理由是：他今后可能会有用得着他的地方。Hathaway总统返回病房后，Lourdes来给他换药并和他交谈了几句。Lourdes趁人不注意的时候偷偷来到医院底层一个已经废弃的房间，找到一个特定的地点（Hathaway总统病房的正下方），掏出一把外星激光枪，笔直朝天花板射去……能量束射穿了天花板和上一层的地板，射穿了病床，射穿了Hathaway总统的身体……原来真正的内奸是Lourdes！倒霉的Hathaway总统就这样死了，根本没有人怀疑Lourdes，她大摇大摆了离开了作案现场。Marina意识到Hal并非真正的内奸，于是要求Anthony和Weaver全力追查内奸的下落。但此时Weaver已经对Marina起了疑心——老总统刚刚抵达查尔斯顿还不到24小时就被暗杀了，新总统怎么可能没有嫌疑？

Tom发现自己身处一个非常舒适安逸的环境，但他敏感地意识到这可能并不真实。在返回查尔斯顿的路上，Tom接连发现了几件重要的事情——有些令他震惊，另一些则令他恐惧。与此同时，Weaver和Pope对于如何处理内奸嫌疑人产生分歧。

Tom了解到外星人防御网的核心机密情报。与此同时，查尔斯顿军民正积极筹备针对Espheni的大规模反攻，但一场大爆炸迫使他们暂停行动计划。威胁查尔斯顿已久的内奸终于亮出了自己的身份，但有人为此付出了血的代价。

Tom他们打开了防护网,沃尔姆人的飞船也到了,但是沃尔姆人却要将Tom他们迁到巴西。最后，科考奇放了他们并返还了武器。之后有遇到并杀死了Karen，而且Anne和Alexis也回来了。