Ledningen för vädertjänsten finns vid Försvarsmaktens högkvarter i Stockholm. Där har man det övergripande ansvaret för ledning och utveckling av funktionen vädertjänst samt samverkan med andra vädertjänster nationellt och internationellt.

Inom Försvarsmaktens vädertjänst tjänstgör man dels i militära befattningar som försvarsmeteorolog och vädertekniker, men även i civila befattningar som meteorologassistent, väderobservatör, systemutvecklare, systemadministratör med flera. 

Vid flygvapnets flottiljer, F 7, F 17, F 21 och Helikopterflottiljen, finns det lokala vädersektioner. Vädersektionerna har som främsta uppgift att utarbeta, delge och följa upp detaljerade prognoser om väderförhållanden vid egen flottilj och i flygövningsområdet. Utöver detta görs specifika prognoser för andra funktioner vid förbandet och för kunder vid närliggande förband som är i behov av väderinformation. I flottiljmeteorologens uppgifter ingår att vid behov genomföra väderspaning från flygplan (SK60), delta i planering av övningar där väderfunktionen ingår och till viss del utbilda personal vid eget eller närliggande förband.

Försvarsmaktens meteorologiska och oceanografiska centrum (Metocc), finns på Ledningsregementet i Enköping. Metocc är bemannat dygnet runt, året om och består av produktionsavdelning, utbildningsavdelning, systemavdelning och utvecklingsavdelning. Metocc utarbetar väder- och oceanografiprognoser på såväl kort som lång tidsskala och stödjer armé-, marin- och flygstridskrafter. Man gör även samlade bedömningar över hur vädret kan komma att påverka militär verksamhet oavsett om den bedrivs i Sverige eller utomlands.