Unmis uppgift är att övervaka fredsavtalet mellan den sudanesiska regeringen och rebellrörelsen SPLM/A (Sudanese People's Liberation Movement/Army).
De svenska stabsofficerarna arbetar vid JMCO som är den högsta militära instansen som förbereder förhandlingarna mellan parterna. Möten genomförs regelbundet med Unmis Force Comander som ordförande.
Militärobservatörerna arbetar i team om 4-7 officerare vars uppgift är att monitorera och verifiera styrkornas (SAF, SPLA & JIU) gruppering, utveckling samt samla information om tillståndet för civilbefolkningen.
Unmis är till stor del en integrerad mission där militära och civila arbetar i många funktioner sida vid sida.